Namun, ia kena reshuffle pada Juli 2016 dan dipindah menjadi Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional (PPN).
Saat menjabat sebagai Menteri PPN, ia menggawangi rencana pemindahan ibu kota bahkan disebut sebagai satu tokoh kunci dalam pemindahan ibu kota.
Di periode kedua, Jokowi masih mempertahankan Bambang dan menggesernya ke pos Menteri Riset dan Teknologi/Kepala Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN).
Namun, setelah Kementerian Riset dan Teknologi kini dilebur dengan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, ia memilih mundur dari Kabinet Jokowi.
Dalam LHKPN yang dilaporkan pada 7 September 2021, Bambang memiliki harta kekayaan senilai Rp 36.732.346.209.
Hartanya disumbang paling banyak dari kepemilikan empat tanah di Jakarta Selatan, Jakarta Pusat, dan Melbourne, Australia.
Baca Juga: Status Kabupaten PPU Dipertanyakan, Akankah Jadi Daerah Penyangga IKN?
Totalnya Rp 29.695.506.738.
Bambang memiliki tiga unit mobil dengan nilai Rp 893 juta.
Aset lain yang ia miliki adalah harta bergerak lainnya Rp 212.465.000, surat berharga Rp 1.388.113.968, serta kas dan setara kas Rp 5.391.049.527.