Di dalam Pura Penataran Agung paling banyak terdapat bangunan suci atau palinggih, yakni berjumlah sekitar 62 buah dengan jenis dan status serta fungsi beranekaragam.
Salah satu ciri khas dari Pura Penataran Agung adalah adanya Padma Tiga. Sebagai pusat tempat pemujaan Tri Purusa, yaitu Bhatara Siwa, Bhatara Sada Siwa, dan Bhatara Parama Siwa.
Kemudian ada bale pawedaan sebagai tempat para sulinggih mapuja. Bale agung sebagai tempat paruman para walaka dan sulinggih.
Bale Pasamuan Agung yang terdapat Siwa Lingga, dan arca-arca pralingga. Bale Papelik, sebagai tempat pemujaan Ida Ratu Sang Hyang Siyem.
Meru Tumpang Solas (11), tempat pemujaan Ida Bhatara Manik Maketel. Meru Tumpang Sia (9), sebagai tempat pemujaan Ida Bhatara Bagus Kubakal.
Bangunan berbentuk bebaturan adalah tempat pemujaan Bhatara Sila Majemuh. Bale Piyasan tempat untuk menghias pratima-pratima.
Bale kulkul sebagai tanda waktu dan dibunyikan hanya pada waktu diselenggarakan upacara atau pujawali.
Dan masih banyak lagi bangunan suci lainnya di Pura Penataran Agung yang dibagi menjadi 7 bagian, yang mana didasarkan kepada ajaran dan nilai tersendiri dalam lambang Sapta Loka yaitu 7 lapisan alam.
Baca Juga: Bali Tak Masuk Daftar, 10 Provinsi dengan Pendapatan Daerah Terbesar di Indonesia