2. Saingan Penyalur Rempah-rempah
Meskipun VOC memonopoli perdagangan rempah-rempah Nusantara, kongsi dagang ini tetap tidak bisa mempertahankan eksitensinya saat bersaing.
Pasalnya, ada banyak sekali kongsi dagang lain yang menyalurkan rempah-rempah dari negara tempat mereka berdiri.
Hal ini menyebabkan rencana dan tujuan dari VOC tidak terpenuhi, sehingga penjualan pun merosot yang berubah menjadi kerugian besar.
3. Perdagangan Ilegal
Karena memiliki kawasan kekuasaan yang terbilang sangat luas, VOC tidak mampu mengawasi dengan baik seluruh lahan kekuasaan miliknya.
Maka dari itu, timbul perdagangan ilegal yang tentu merugikan kongsi dagang ini dalam jumlah yang cukup besar.
4. Biaya Perang yang Cukup Besar
Ada banyak sekali kerajaan Nusantara yang melawan intervensi dari kongsi dagang ini, seperti Gowa-Tallo, Mataram, Ternate, Tidore, dan Banten.
Dengan adanya perlawanan ini, pihak Belanda pun harus melakukan pertahanan yang membuat anggaran biaya perang membengkak.