1. Pemberontakan APRA
2. Peristiwa Andi Aziz
3. Pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS)

3. Peristiwa Konflik dan Pergolakan yang Berkait dengan Sistem Pemerintahan

Termasuk dalam kategori ini adalah persoalan negara federal dan BFO (Bijeenkomst Federal Overleg), serta pemberontakan PRRI dan Permesta. 

Masalah yang berhubungan dengan negara federal mulai timbul ketika berdasarkan perjanjian Linggarjati, Indonesia disepakati akan berbentuk negara serikat/federal dengan nama Republik Indonesia Serikat (RIS).

RI menjadi bagian RIS. Negara-negara federal lainnya misalnya adalah negara Pasundan, negara Madura, Negara Indonesia Timur. BFO sendiri adalah badan musyawarah negaranegara federal di luar RI yang dibentuk oleh Belanda.

Awalnya, BFO berada di bawah kendali Belanda. Namun makin lama badan ini makin bertindak netral, tidak lagi semata-mata memihak Belanda. Prokontra tentang negara-negara federal inilah yang kerap juga menimbulkan pertentangan.

Adapun konflik dan pergolakan yang berkait dengan sistem pemerintahan adalah sebagau berikut.

1. Pemberontakan PRRI dan Permesta
2. Persoalan Negara Federal dan BFO

Dari Konflik Menuju Konsensus Suatu Pembelajaran

1. Kesadaran Terhadap Pentingnya Integrasi Bangsa

Pentingnya kesadaran terhadap integrasi bangsa dapat dihubungkan dengan masih terdapatnya potensi konflik di beberapa wilayah Indonesia pada masa kini. 

Kementerian Sosial saja memetakan bahwa pada tahun 2014 Indonesia masih memiliki 184 daerah dengan potensi rawan konflik sosial. Enam di antaranya diprediksi memiliki tingkat kerawanan yang tinggi, yaitu Papua, Jawa Barat, Jakarta, Sumatera Utara, Sulawesi Tengah, dan Jawa Tengah.

2. Teladan Para Tokoh Persatuan

Posisi Papua dalam sejarah Indonesia setelah kemerdekaan sebenarnya unik. Papua adalah wilayah di Indonesia yang bahkan setelah RI kembali menjadi negara kesatuan pada tahun 1950 pun, tetap berada dalam kendali Belanda.

Khusus persoalan Papua, berdasarkan hasil KMB tahun 1949, sesungguhnya akan dibicarakan kembali oleh pemerintah RI dan Belanda “satu tahun kemudian”.

Nyatanya hingga tahun 1962, ketika Indonesia akhirnya memilih jalan perjuangan militer dalam merebut wilayah ini, Belanda tetap berupaya mempertahankan Papua.

1) Pahlawan Nasional dari Papua: Frans Kaisiepo, Silas Papare, dan Marthen Indey

Sultan Hamengku Buwono IX (1912-1988). Pada tahun 1940, ketika Sultan Hamengku Buwono IX dinobatkan menjadi raja Yogyakarta, ia dengan tegas menunjukkan sikap nasionalismenya.

2) Para Raja yang Berkorban Untuk Bangsa: Sultan Hamengku Buwono IX dan Sultan Syarif Kasim II

Sultan Hamid II dari Pontianak misalnya, bahkan pada tahun 1950-an lebih memilih berontak hingga turut serta dalam rencana pembunuhan terhadap beberapa tokoh dan pejabat di Jakarta, meski akhirnya mengalami kegagalan.

3) Mewujudkan Integrasi Melalui Seni dan Sastra: Ismail Marzuki

Ismail Marzuki (1914–1958). Dilahirkan di Jakarta, Ismail Marzuki memang berasal dari keluarga seniman. Di usia 17 tahun ia berhasil mengarang lagu pertamanya, berjudul “O Sarinah”.