Pada bulan Agustus 1830, benteng ini pernah menjadi tempat ditawannya Pangeran Diponegoro sebelum diasingkan ke Benteng Fort Rotterdam di Makassar hingga akhir hayatnya. Benteng Willem II memiliki sumur yang digunakan untuk mengambil air wudhu dan beribadah.
Pada 1849, Benteng Willem II jatuh ke tangan Inggris tanpa adanya perlawanan. Di tangan Inggris, benteng ini difungsikan sebagai rumah peristirahatan dan rumah penyembuhan bagi para pasien.
Kemudian pada tahun 1942-1945 saat masa penjajahan Jepang, Benteng Willem II digunakan sebagai rumah tahanan bagi orang-orang Indonesia.
Padaa 1945-1950, bangunan ini jatuh kembali ke tangan Belanda dan digunakan sebagai barak polisi.
Saat ini, Benteng Willem II telah digunakan sepenuhnya sebagai asrama bagi keluarga anggota kepolisian Indonesia.
Baca Juga: Doncang, Makanan Tradisional Khas Cirebon yang Memiliki Sejarah Unik