Toleransi bisa terjadi karena pedagang maupun perantau Islam yang masuk ke Bali bercorak Islam sinkretik. Hubungan antara orang Islam dan Hindu bisa pula diwamai oleh konflik yang berkahir pada pembunuhan.

Berkenaan dengan itu bisa jadi Pelinggih Ratu Mekah terkait pula dengan usaha menghilangkan kutukan lewat pemujaan roh orang yang terbunuh.

Baca Juga: 10 Artis yang Pindah Agama, Ada yang Murtad dan Pindah ke Hindu

Pura sebagai tempat suci memiliki struktur, yakni halamannya terbagi menjadi dua, yakni jaba dan jeroan (Pura Dalem Mekah dan Pura Mekah). 

Berdasarkan sumber lainnya Disebutkan bahwa ”Kata “Mekah” yang ada dalam Ratu Gede Dalem Mekah bukan kota suci Mekah di Arab Saudi sekarang ini, tetapi desa Mekah yang ada di Probolinggo atau Mojokerto atau mungkin nama yang mirip itu di pelosok Bali. Dengan begitu Gede Dalem Mekah hanyalah Mpu Tanrupa atau Ki Ngelawang yang datang dari Majapahi. 

Sementara itu, Menurut pengakuan seorang pemangku Pura Mekah yang bernama Jro Wayan Mertha keberadaan Pura Mekah di Poh Gading Ubung Kaja memiliki kaitan dengan Pura Mekah yang berada di Desa Binoh.

Ada wacana lisan yang menyatakan jika di Ubung, pernah datang dua utusan dari Pulau Jawa  yang beragama muslim.

Dua utusan ini disebut sebagai Dalem Mekah oleh masyarakat setempat. Dua utusan ini tinggal dengan dibatasi setra Dalem Poh Gading, yang satu tinggal di sebalah utara setra dan satunya lagi tinggal di sebalah selatan.

Pada zaman itu, para musafir dari Arab sudah mulai berdatangan ke Bali, sehingga Pura ini juga berfungsi sebagai penjaga kerukunan antar umat Hindu dan Muslim.

Apabila dilihat dari arsitektur bangunan, candi  gelung di Pura Mekah Binoh,  pura ini dibangun dengan sentuhan kebudayaan Islam saat itu.

Terbukti di atas candi gelung  itu terdapat gempolan seperti  kubah, para arkeolog yang pernah melakukan penelitian juga menyatakan hal  yang demikian. 

Baca Juga: Sedang Dibahas, Pemkot Denpasar Dirikan PAUD-TK Hindu

Keunikan lainnya dari Pura Mekah ini, dimana Pura maupun pelinggih Hindu pada umumnya berorientasi ke gunung atau ke arah matahari terbit (arah sacral). Kecuali Pura Mekah Binoh, rangkaian ritualnya ada yang berkiblat ke barat (Mekah, Jawa). Dan Haram Menghaturkan Daging Babi dalam sesajennya.