Sementara itu, hubungan presiden dan MPR serta tugas masing-masing diatur dalam Penjelasan UUD 1945 pada Sistem Pemerintahan Negara, yakni:
Presiden dipilih dan diangkat oleh MPR.
Presiden adalah mandataris MPR.
MPR pemegang kekuasan negara yang tertingggi
Presiden tunduk dan bertanggung jawab kepada MPR
Presiden untergeornet kepada MPR.
Presiden adalah pemegang kekuasaan eksekutif dengan dibantu oleh menteri-menteri negara.
Meski berkuasa sebagai kepala negara sekaligus kepala pemerintahan, presiden tunduk kepada MPR.
Adapun MPR merupakan penjelmaan rakyat dan pemegang kedaulatan rakyat, sebagaimana diatur dalam Pasal 2 Ayat 2 UUD 1945 dan Pasal 3 UUD 1945.
Dengan demikian, menurut UUD 1945, sistem pemerintahan Indonesia adalah presidensial dengan bentuk negara republik demokrasi, artinya kedaulatan berada di tangan rakyat.
Berikut ini kesimpulan sistem pemerintahan Indonesia dalam UUD 1945 dan inovasinya sejak era reformasi:
Bentuk negara kesatuan dengan prinsip otonomi daerah yang luas. Wilayah negara terbagi dalam beberapa provinsi.
Bentuk pemerintahan adalah republik, sedangkan sistem pemerintahan presidensial.
Presiden adalah kepala negara dan sekaligus kepala pemerintahan. Presiden dan wakil presiden dipilih secara langsung oleh rakyat dalam satu paket.
Kabinet atau menteri diangkat oleh presiden dan bertanggung jawab kepada presiden.
Parlemen terdiri atas dua bagian (bikameral): Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) dan Dewan Perwakilan Daerah (DPD).
Para anggota dewan merupakan anggota MPR. DPR memiliki kekuasaan legislatif dan kekuasaan mengawasi jalannya pemerintahan.
Kekuasaan yudikatif dijalankan oleh Makamah Agung dan badan peradilan di bawahnya.