a. Bakteri Berbentuk Bulat (Coccus)

Bakteri berbentuk bulat atau bola dibedakan menjadi:

• Monokokus (Monococcus): bakteri berbentuk bola tunggal, contohnya, Neisseria gonorrhoeae penyebab penyakit kencing nanah.
• Diplokokus (Diplococcus): bakteri berbentuk bola yang bergandengan dua-dua, contohnya, Diplococcus pneumoniae penyebab pneumonia.
• Streptokokus (Streptococcus): bakteri berbentuk bola yang berkelompok memanjang membentuk rantai.
• Sarkina (Sarcina): bakteri berbentuk bola yang berkelompok empat-empat sehingga bentuknya mirip kubus.
• Stafilokokus (Stafilococcus): bakteri berbentuk bola yang berkoloni membentuk sekelompok sel tidak teratur sehingga bentuknya mirip dompolan buah anggur.

b. Bakteri Berbentuk Batang (Basilus)

Bentuk basilus dapat dibedakan atas:

• Basil tunggal (Monobasil): bakteri yang hanya berbentuk satu batang tunggal, misalnya, Salmonella typhi penyebab penyakit tifus.
• Diplobasil: bakteri berbentuk batang yang bergandengan dua-dua.
• Streptobasil: bakteri berbentuk batang yang bergandengan dua-dua.
• Stafilobasil: bakteri berbentuk batang yang bergandengan memanjang membentuk rantai benang panjang.

c. Bakteri Berbentuk Spiral atau Melilit

Bakteri berbentuk melilit atau spiral ada tiga macam bentuk spiral, yaitu sebagai berikut:

• Spiral: golongan bakteri yang bentuknya seperti spiral yang sel tubuhnya kaku, misalnya, Spirillum.
• Vibrio: bakteri bentuk koma yang dianggap sebagai bentuk spiral tak sempurna, misalnya, Vibrio cholerae penyebab penyakit kolera.
• Spirochaeta: golongan bakteri berbentuk spiral yang bersifat lentur. Pada saat bergerak tubuhnya dapat memanjang dan mengerut.

Berdasarkan Karakteristik Dinding Sel

a. Bakteri Gram Positif

Bakteri Gram Positif adalah bakteri yang dinding selnya menyerap warna violet dan memiliki lapisan peptidoglikan yang tebal. Contoh bakteri gram negatif adalah sebagai berikut

• Bakteri ungu, bersifat fotoautotrof dan tidak menghasilkan oksigen.
• Enterobakteria: bakteri pengurang yang hidup di tumbuhan membusuk serta bakteri yang di tubuh manusia.
• Vibrio: terutama hidup di lautan sebagai bioluminesensi. Contohnya, Vibrio cholerae.
• Rhizobium: hidup bersimbiosis di bintil akar tumbuhan legum dan mampu melakukan fiksasi nitrogen.
• Pseudomonas: bersifat heterotrof dan menghasilkan pigmen non fotosintetik. Bakteri ini menyebabkan penyakit pada tumbuhan, hewan, dan manusia.
• Azotobakteria: hidup di tanah dan memfiksasi nitrogen dalam kondisi aerobik.
• Riketsia: bakteri kecil yang berbentuk batang. Beberapa spesies bersifat patogen pada manusia dan hewan.
• Mixobakteria: bakteri yang mensekresikan lendir dan bergerak dengan cara meluncur
• Klamidia: bakteri yang dinding selnya tidak mengandung peptidoglikan dan mengambil energi dari inangnya, sehingga disebut dengan sifat parasit tinggi. Contohnya, Chlamydia trachomati penyebab penyakit kebutaan.
• Spiroseta: bakteri berbentuk spiral dengan dinding sel yang fleksibel. Kelompok bakteri ini bergerak dengan struktur yang mirip flagela yang disebut dengan filamen aksial. Contohnya, Treponema pallidum.
• Cyanobacteria: bakteri fotosintetik yang hidup di danau, kolam renang, dan lain-lain. Sebagian spesies bakteri ini juga memfiksasi nitrogen.

b. Bakteri Gram Negatif