Bakteri berbentuk bulat atau bola dibedakan menjadi:
Monokokus (Monococcus): bakteri berbentuk bola tunggal, contohnya, Neisseria gonorrhoeae penyebab penyakit kencing nanah.
Diplokokus (Diplococcus): bakteri berbentuk bola yang bergandengan dua-dua, contohnya, Diplococcus pneumoniae penyebab pneumonia.
Streptokokus (Streptococcus): bakteri berbentuk bola yang berkelompok memanjang membentuk rantai.
Sarkina (Sarcina): bakteri berbentuk bola yang berkelompok empat-empat sehingga bentuknya mirip kubus.
Stafilokokus (Stafilococcus): bakteri berbentuk bola yang berkoloni membentuk sekelompok sel tidak teratur sehingga bentuknya mirip dompolan buah anggur.
b. Bakteri Berbentuk Batang (Basilus)
Bentuk basilus dapat dibedakan atas:
Basil tunggal (Monobasil): bakteri yang hanya berbentuk satu batang tunggal, misalnya, Salmonella typhi penyebab penyakit tifus.
Diplobasil: bakteri berbentuk batang yang bergandengan dua-dua.
Streptobasil: bakteri berbentuk batang yang bergandengan dua-dua.
Stafilobasil: bakteri berbentuk batang yang bergandengan memanjang membentuk rantai benang panjang.
c. Bakteri Berbentuk Spiral atau Melilit
Bakteri berbentuk melilit atau spiral ada tiga macam bentuk spiral, yaitu sebagai berikut:
Spiral: golongan bakteri yang bentuknya seperti spiral yang sel tubuhnya kaku, misalnya, Spirillum.
Vibrio: bakteri bentuk koma yang dianggap sebagai bentuk spiral tak sempurna, misalnya, Vibrio cholerae penyebab penyakit kolera.
Spirochaeta: golongan bakteri berbentuk spiral yang bersifat lentur. Pada saat bergerak tubuhnya dapat memanjang dan mengerut.
Berdasarkan Karakteristik Dinding Sel
a. Bakteri Gram Positif
Bakteri Gram Positif adalah bakteri yang dinding selnya menyerap warna violet dan memiliki lapisan peptidoglikan yang tebal. Contoh bakteri gram negatif adalah sebagai berikut
Bakteri ungu, bersifat fotoautotrof dan tidak menghasilkan oksigen.
Enterobakteria: bakteri pengurang yang hidup di tumbuhan membusuk serta bakteri yang di tubuh manusia.
Vibrio: terutama hidup di lautan sebagai bioluminesensi. Contohnya, Vibrio cholerae.
Rhizobium: hidup bersimbiosis di bintil akar tumbuhan legum dan mampu melakukan fiksasi nitrogen.
Pseudomonas: bersifat heterotrof dan menghasilkan pigmen non fotosintetik. Bakteri ini menyebabkan penyakit pada tumbuhan, hewan, dan manusia.
Azotobakteria: hidup di tanah dan memfiksasi nitrogen dalam kondisi aerobik.
Riketsia: bakteri kecil yang berbentuk batang. Beberapa spesies bersifat patogen pada manusia dan hewan.
Mixobakteria: bakteri yang mensekresikan lendir dan bergerak dengan cara meluncur
Klamidia: bakteri yang dinding selnya tidak mengandung peptidoglikan dan mengambil energi dari inangnya, sehingga disebut dengan sifat parasit tinggi. Contohnya, Chlamydia trachomati penyebab penyakit kebutaan.
Spiroseta: bakteri berbentuk spiral dengan dinding sel yang fleksibel. Kelompok bakteri ini bergerak dengan struktur yang mirip flagela yang disebut dengan filamen aksial. Contohnya, Treponema pallidum.
Cyanobacteria: bakteri fotosintetik yang hidup di danau, kolam renang, dan lain-lain. Sebagian spesies bakteri ini juga memfiksasi nitrogen.
b. Bakteri Gram Negatif
Bakteri yang dinding selnya menyerap warna merah, dan memiliki lapisan peptidoglikan yang tipis. Contoh bakteri gram positif adalah sebagai berikut
Aktinobakteria: sifatnya agak mirip fungi. Bakteri ini memiliki peptidoglikan pada dinding selnya serta tidak memiliki selaput inti. Contohnya: beberapa genus Streptomyces yang dapat menghasilkan antibiotik streptomisin.
Streptokokus: hidup di mulut dan saluran pencernaan manusia dan hewan lain.
Mikobakterium: mengandung senyawa lilin di dinding selnya. Contohnya: Mycobacterium tuberculosis penyakit TBC.
Klostridium: bersifat anaerobik. Contohnya: Clostridium tetani penyebab tetanus dan Clostridium botulinum penyebab penyakit botulisme.
Stafilokokus: biasanya hidup di hidung dan kulit. Bakteri ini termasuk bakteri patogen oportunistik yang menyebabkan penyakit bila sistem kekebalan tubuh inang sedang menurun.
Bakteri asam laktat: mampu memfermentasi gula dan menghasilkan asam laktat sebagai hasil akhirnya. Bakteri ini hidup secara alami di mulut dan vagina manusia.
Bakteri ini hidup di tanah dan saluran air, beberapa bersifat parasit pada tumbuhan atau hewan. Beberapa spesies hidup di saluran mukus manusia tetapi tidak menyebabkan penyakit.
Berdasarkan Cara Hidup
Berdasarkan cara hidupnya, bakteri dapat dibedakan menjadi bakteri heterotrof dan autotrof, antara lain sebagai berikut.
a. Bakteri Heterotrof
Bakteri yang mendapatkan makanan berupa senyawa organik dari organisme lainnya. Umumnya bakteri ini tidak berklorofil. Kehidupannya sangat tergantung pada bahan organik yang ada di sekitarnya, karena bakteri tersebut tidak bisa mengubah bahan anorganik menjadi bahan organik.
Bakteri Parasit: bakteri yang mendapatkan makanan dari tubuh organisme lain yang ditumpanginya. Contohnya: Famili Spirochaetaceae (parasit dalam usus moluska bercangkang dua), Familia Treponemataceae (parasit pada vertebrata dan manusia), Borrelia burgdorferi, Borrelia recurrentis yang hidup pada hewan serta manusia, dan Borrelia novyi.
Bakteri Saprofit: bakteri yang kebutuhan makanannya diperoleh dari sisa-sisa organisme yang telah mati. Bakteri jenis ini dapat merombak bahan organik menjadi bahan anorganik. Perombakan bahan organik menjadi bahan anorganik terjadi melalui fermentasi atau respirasi. Proses perombakan ini biasanya menghasilkan gas-gas: CH4, CO2, H2S, N2, H2, dan NH3. Contoh bakteri saprofit adalah Escherichia coli, Thibacillus denitrificans, Desulfovirio desulfuricans, Metanobacterium omelianski dan Methanobacterium ruminatum, Clostridium sporageus.
Bakteri Patogen: bakteri parasit yang menimbulkan penyakit pada hospes/inang yang dihinggapi. Contohnya: Salmonella thyphosa, Vibrio comma, Clostridium tetani, Yersina pestis, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprae, Treponema pallidum, Neisseria meningitidis, Corynebacterium diphtheriae, Pseudomonas cattelaye, P. Solanacearum, Mycobacteriu bovis, M. avium.
Bakteri apatogen: bakteri yang tidak menimbulkan penyakit pada inangnya, contohnya, Escherichia coli dan Streptomyces griseus.
b. Bakteri Autotrof
Bakteri Autotrof adalah bakteri yang dapat membuat makanan sendiri dari senyawa anorganik. Proses pengubahan dapat terjadi dengan dua cara antara lain sebagai berikut.
Foto autotrof: bakteri yang dapat membuat makanannya sendiri dengan menggunakan energi yang berasal dari cahaya matahari atau melalui proses fotosintesis. Golongan bakteri foto autotrof atau bakteri fotosintetik terdiri atas bakteri hijau dan bakteri ungu. Bakteri hijau memiliki pigmen hijau yang disebut dengan bakterioviridin atau bakterioklorofil, sedangkan bakteri ungu memiliki pigmen ungu, merah atau kuning. Pigmen ini disebut dengan bakteriopurpurin.
Kemoautotrof: bakteri yang dapat membuat makanannya sendiri dengan menggunakan energi kimia. Contoh bakteri jenis ini adalah Nitrosococcus, Nitrosomonas, Nitrosocystis, dan Nitrospira.