Soeharto menerima permintaan Marcos. Indonesia setuju untuk mendamaikan konflik dengan syarat Bangsa Moro tetap menjadi bagian dari Filipina.
Langkah perdamaian ini diteruskan oleh pengganti Marcos, Presiden Corazon Aquino. Tahun 1989, disepakati otonomi daerah istimewa untuk kawasan Muslim Mindanau. Namun hal itu tak lantas membuat konflik selesai.
23 September 1993, Presiden Fidel Ramos mengunjungi Presiden Soeharto di Jakarta. Kembali meminta bantuan untuk menyelesaikan konflik di Mindanau.
Indonesia kemudian membawa masalah Mindanau ke Forum Menteri Luar Negeri Negara Muslim. Dibentuk Komite Enam, dengan Indonesia sebagai ketuanya.
"Indonesia dipilih karena menjadi negara Muslim terbesar, punya kepemimpinan yang kuat di kawasan ASEAN dan punya pengalaman menengahi konflik di Kamboja." Demikian ditulis Anak Agung Banyu Perwita dalam buku Indonesia And The Muslim World.
Tak mudah menyelesaikan konflik pemerintah Filipina dengan Bangsa Moro. Indonesia selalu terlibat sebagai fasilitaror.
Akhirnya perjanjian damai bisa diteken antara kedua pihak tahun 1996.
Baca Juga: 6 Negara yang Ternyata Hafal Lagu Hits di Indonesia! Sering Dibikin Cover Oleh Artis Luar Negeri
Konflik perbatasan Thailand dan Kamboja
Konflik perbatasan Kamboja-Thailand 2008 dimulai pada Juni 2008 akibat sengketa terhadap Kuil Preah Vihear yang terletak antara distrik Kantharalak di provinsi Sisaket dan distrik Choam Khsant di provinsi Preah Vihear.